TIBM: Segmentation

This research topic gathers all contributions related to the automatic extraction of anatomical or functional structures from biomedical images. A multi-atlas segmentation framework based on patch fusion has been proposed for parcellating both the cortex and the deep brain structures 2-RHS11. In the context of the ANR Vivabrain, a method based on component-trees has been set up to segment the cerebral vascular tree 2-DTNT13. Original algorithms have also been developed in the project ERC FBrain for segmenting brain tissues from fetal MRI 2-RHS11, 2-CPHS11, 2-PNRK11. Finally, Markov approaches have been implemented for the automatic identification of multiple sclerosis lesions in multimodal 2-BCA14 and temporal 4-LCA14 MRI sequences. Besides MRI, other contributions based on super-voxel decomposition involve CT scan images, especially to delineate vertebrae 4-CRMC15 or estimate the hepatic tumor necrosis rate 4-CNRH16, 4-CRNH15. A method combining texture descriptors and a supervised classification scheme has also been proposed for segmenting high-resolution histopathological data 4-ANFF14.

PhD thesis

• T. Kensicher, Protocole d'extraction de caractéristiques dans une base de données de scanners angiographiques pour la prédiction de complications post-opérative après des opérations de type EVAR, en cours
• A. Dufour, Segmentation et modélisation des structures vasculaires cérébrales en imagerie médicale 3D, octobre 2013
• B. Caldairou, Contribution à la segmentation des structures cérébrales en IRM foetale, juin 2012
• B. Bouraoui, Segmentation automatique de l'arbre coronarien à partir d'images angiographiques 3D+t de scanner, octobre 2009
• S. Bricq, Segmentation d'images IRM anatomiques multimodales et détection de lésions de sclérose en plaques, novembre 2008
• J. Lamy, Calcul du chemin central du côlon pour une analyse locale des pathologies, novembre 2005
• N. Passat, Contribution à la segmentation des réseaux vasculaires cérébraux obtenus en IRM. Intégration de connaissance anatomique pour le guidage d'outils de morphologie mathématique, septembre 2005
• B. Naegel, Segmentation des organes de l'abdomen par des critères topologiques et morphologiques, octobre 2004

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