TIBM: Data reconstruction

This research topic concerns the reconstruction of images from raw data acquired with various modalities. The contributions in this area were mainly realized through the project ERC FBrain for the reconstruction of fetal MRI, through the [ANR http://rhodes.unistra.fr Rhodes] for the three-dimensional tomographic reconstruction of macromolecules in cryo-electron microscopy (cryo-EM) and through works related to data inversion from polarimetric imaging. La problématique principale rencontrée pour la reconstruction tomographique en cryo-ME est liée au fait que les angles de projections sont inconnus et que les images présentent un très faible rapport signal à bruit. Pour aborder ce problème, une méthode de reconstruction conjointe du volume et des angles de projections a été proposée 4-FDNF13, 4-BBF15, 4-PBMT15, et des méthodes d’estimation des paramètres de projection basées sur des techniques de réduction de dimension 4-RBNM16 ou sur les moments 2-PBMT16 ont été développées. Concernant la reconstruction d’IRM fœtales, il s’agit, à partir d’un ensemble de coupes acquises avec des séquences 2D ultra-rapide, de reconstruire un volume IRM 3D haute résolution, tout en corrigeant les mouvements du fœtus ainsi que les artefacts en intensité, que ce soit en imagerie morphologique 2-KHRS11 ou en IRM de diffusion 2-OKSD12, 2-FSKC14. En imagerie polarimétrique, des méthodes originales d’inversion de données avec prise en compte de l’information spatiale ont été proposées 2-SHZN11, 2-FHRL12, 2-FHSZ13, 1-FRHZ13, 1-FRHZ15, 2-KFHL15.

Thèses

• Y. Michels,  Reconstruction tomographique d'objets déformables pour la cryo-microscopie électronique à particules isolées, en cours
• M. S. Phan, Reconstruction tomographique d’objets articulés à partir de projections non-orientées, en cours
• H. Rojbani, Reconnaissance de forme dans des images volumiques en niveaux de gris: Application à l'imagerie biologique cell, en cours
• M. Karnoukian, Reconstruction, fusion et analyse et d'images multi-modalités.Application au diagnostic et l'élevation des traitements du cancer, en cours

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