Fabrice Heitz

Professeur, Directeur du Laboratoire ICube

ICube - MIV 300 Bd Sébastien Brant BP 10413 67412 Illkirch CEDEX - France Tel : + 33 (0) 3 68 85 44 87 Fax : + 33 (0) 3 68 85 44 55 Bureau : C215 Courriel : fabrice(dot)heitz(at)unistra(dot)fr ORCID

Thématiques de recherche

• Traitement du signal et des images.
• Modélisation statistique (images 3D+t), modèles markoviens et modèles non gaussiens, modèles d'apparence, modèles déformables.
• Apprentissage (Machine Learning).
• Recalage rigide et déformable d'images multimodales, segmentation d'images 3D, suivi temporel 3D+t, détection de changements inter-images.
• Applications : imagerie médicale, analyse de séquences temporelles.

Enseignement

• Formations : Télécom Physique Strasbourg , Master Imagerie, Robotique, Ingénierie pour le Vivant.

• Cours / TP / TD :

TPS 1A : Introduction au traitement du signal (Traitement des signaux analogiques)

TPS 2A : Traitement des signaux aléatoires

TPS 2A : Statistiques

TPS 2A : Traitement du signal 2D et des images

TPS 3A - Master IRIV : Analyse de séquences d'images (Image sequence analysis)

Encadrement de thèses

• Kaifeng Zou. Age and Sex Estimation from CT Images using Keypoints and Machine Learning Methods. Co-direction avec S. Faisan et S. Valette (Creatis). Projet ANR Topacs. (depuis sept. 2020).

• Adrien Heitz. Segmentation sémantique d'images TDM 3D du poumon par apprentissage profond. Co-direction de thèse avec V. Noblet (depuis juin 2020). Thèse CIFRE avec Visible Patient.

• Guillaume Décor. Reconnaissance des formes pour l’inspection des tunnels. Co-direction de thèse avec P. Charbonnier (DR CEREMA, encadrement P. Foucher (depuis octobre 2018). Thèse financée par le Cerema.

Responsabilités collectives

• Directeur du Laboratoire ICube (2023-)
• Responsable de l'équipe IMAGeS d'ICube (2016-2022)
• Directeur-adjoint du Laboratoire ICube, directeur du département IRTS (2013-2022)
• Directeur du LSIIT UMR 7005 CNRS / Université de Strasbourg (2005-2012)
• Membre élu de la Commission de la Recherche de l'Université de Strasbourg (2021-2025)
• Membre nommé du Conseil scientifique de l'Université de Lorraine (2017-2021)
• Membre élu du Conseil scientifique de l'Université de Strasbourg (2009-2012)
• Membre élu du conseil de Télécom Physique Strasbourg
• Expert AERES / HCERES (président et membre de comité de visite), ANR, auprès du MESR (DSPT), Oseo-Anvar, ANRT, Région Alsace.
• Membre nommé du CNU 61ème section (2004-2007)
• Chargé de mission STIC auprès du VP recherche de l'Université Strasbourg 1(2003-2007)
• Membre élu du conseil scientifique de l'Université Strasbourg 1 (1999-2006)
• Membre du comité de pilotage du GDR ISIS (2001-2004)
• Responsable du DEA "Photonique, Image, Cybernétique" ULP (1999-2005)
• Responsable du Pôle Image Région Alsace (CPER 1999-2004)
• Editeur associé de la revue IEEE Transactions on Image Processing (1996-1999)

Curriculum Vitae

• CV

Publications

Publications

Anciens doctorants

• Etienne Mémin : « Algorithmes et architectures parallèles pour les approches markoviennes en analyse d’images » (juin 1993). Directeur de Recherches INRIA (Centre INRIA Rennes), responsable de l’équipe-projet INRIA « Fluminance ».

• Patrick Perez : « Champs markoviens et analyse multirésolution de l’image : application à l’analyse du mouvement » (juillet 1993). Directeur de Recherches INRIA (centre INRIA Rennes). Directeur de valeo.ai (Valeo AI research lab).

• Charles Kervrann : « Modèles statistiques pour la segmentation et le suivi de structures déformables bidimensionnelles dans une séquence d’images » (novembre 1995). Directeur de Recherches INRIA (Centre INRIA Rennes), responsable de l’équipe-projet « Serpico ».

• Jean-Marc Laferté : « Contribution à l’analyse d’images par modèles markoviens sur des graphes hiérarchiques. Application à la fusion de données multirésolutions » (octobre 1996). Enseignant–chercheur Département Génie logiciel et Techniques de l’Information à l'ECAM-Rennes.

• Christophoros Nikou : « Contribution au recalage d’images médicales multimodales : approches par fonctions de similarité robustes et modèles déformables physiques sous contraintes statistiques » (mai 1999). Professor, Computer Science Department, University of Ioannina, Grèce.

• Olivier Musse : « Contribution à la mise en correspondance non rigide d’images médicales : une approche paramétrique hiérarchique sous contraintes topologiques. Application au recalage déformable du cerveau en imagerie IRM » (décembre 2000). CEO, Mana-Sys, Rennes.

• Raouf Hamdan : « Détection, suivi et reconnaissance des formes et du mouvement par modèles probabilistes d’apparence »(janvier 2001). Associate Professor, Arab International University, Syria.

• Rozenn Dahyot : « Reconnaissance des formes et indexation par le contenu de bases de données d’images séquentielles pour la gestion du réseau routier » (novembre 2001). Professor of Computer Science, Maynooth University, Ireland. Thèse

• Michel Salomon : « Parallélisation d’algorithmes d’optimisation globale pour le recalage d’images par fonctions de similarité »(décembre 2001). Maître de Conférences, Université de Franche-Comté, Laboratoire d’Informatique de Franche-Comté. Thèse

• Marcel Bosc : « Détection de changements dans des séquences d’images médicales 3D multimodales. Application à la détection et au suivi des lésions de scléroses en plaques » (décembre 2003). Maître de Conférences, Université Paris 13, Laboratoire de Traitement et de Transport de l’Information (L2TI). Thèse

• Torbjorn Vik : « Modèles statistiques d’apparence 3D. Application à la création d’un atlas probabiliste de perfusion cérébrale pour l’aide au diagnostic » (décembre 2004). Senior Scientist, Philips, Eindhoven, Netherlands. Thèse

• Sylvain Faisan : « Analyse et fusion markovienne de séquences en imagerie 3D+t. Application à l’analyse de séquences d’images IRM fonctionnelles cérébrales » (décembre 2004, prix de thèse de l'Université de Strasbourg). Maître de Conférences HDR à Télécom Physique Strasbourg. Thèse

• Alban Foulonneau : « Une contribution à l’introduction de contraintes de forme dans les contours actifs orientés région » (décembre 2004). Maître de Conférences à l’Université de Haute Alsace, laboratoire MIPS Modélisation, Intelligence, Processus, Systèmes. Thèse

• Vincent Noblet : « Recalage non rigide d’images cérébrales 3D avec contrainte de conservation de la topologie » (mars 2006). Ingénieur de Recherche CNRS HDR à ICube, Strasbourg. Thèse

• Matthieu Brucher : « Représentations compactes et apprentissage non supervisé de variétés non linéaires. Application au traitement d’images » (octobre 2008). Quantitative Researcher at Squarepoint Capital, Londres, Royaume-Uni. Thèse

• Hervé Boisgontier : « Détection automatique de changements en IRM de diffusion. Application à l’étude longitudinale de patients atteints de sclérose en plaques » (juillet 2010). Formateur développement informatique, ENI Nantes. Thèse

• Swati Sharma : « Recalage déformable d'images médicales 3D multi-modales. Application à la mesure de l’atrophie cérébrale dans la sclérose en plaques » (septembre 2011). Senior Researcher at Microsoft Azure, San Francisco. Thèse

• Antoine Grigis : « Approches statistiques pour la détection de changements en IRM de diffusion. Application au suivi longitudinal de pathologies neuro-dégénératives » (septembre 2012, prix de thèse de l'Université de Strasbourg). Ingénieur-chercheur (CDI) au CEA (centre Neurospin). Thèse

• Gil Gaullier : « Modèles déformables contraints en reconstruction d'images de tomographie non linéaire par temps d'arrivée » (septembre 2013). Ingénieur de recherche CEA-Leti Thèse

• Mickael Ohana : « Imagerie de la ventilation par tomodensitométrie double énergie simple source avec inhalation de gaz noble » (juin 2016). PU-PH Radiologie - Imagerie cardio-vasculaire et thoracique, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg. Thèse

• Alix Bouchon : « Modèles de régression multivariés pour la comparaison de populations en IRM de diffusion » (septembre 2016). Ingénieur Sogeti, Strasbourg. Thèse

• Florian Tilquin : « Statistical Models on Manifolds for Anomaly Detection on Medical Images » (novembre 2019). Machine Learning Engineer, Biosency (CDI), Rennes. Thèse

• Farid Ouhmich: "New radiomics approaches for hepatic tumor characterization through imaging analysis" (juin 2021). Data scientist chez Orthogrid, Strasbourg. Thèse

• Argheesh Bhanot: « Apprentissage par dictionnaire pour la séparation de sources sous contraintes spatiales » (juillet 2021). Post-doctorat GIPSA-lab, Grenoble. Thèse

• Romel Bhattacharjee: "Deformable Registration of Abdominal Images". PhD Indian Institute of Technology IIT, Banaras Hindu University, Varanasi (sept. 2021). Analyst (Engineer in Technology Research & Advisory), Aranca, Mumbai, Maharashtra, India Pub