Équipe IMAGeS : Images, Modélisation, Apprentissage, Géométrie et Statistique

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Cet axe de recherche concerne la reconstruction des images à partir de données brutes issues de modalités variées. Les différentes contributions dans ce domaine ont principalement été réalisées au travers du projet [[ERC FBrain]] pour la reconstruction d’IRM fœtales, de l’[http://rhodes.unistra.fr ANR Rhodes] pour la reconstruction tomographique tridimensionnelle de macromolécules en cryo-microscopie électronique (cryo-ME) et des travaux d’inversion de données issues d’imageurs polarimétriques.  
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Cet axe rassemble toutes les contributions qui ont pour objectifs l'extraction automatique de structures anatomiques ou fonctionnelles contenues dans des images biomédicales.  
 
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* Une approche de segmentation multi-atlas basée sur de la fusion par patch a été proposée pour parcelliser le cortex ainsi que les structures profondes du cerveau [https://icube-publis.unistra.fr/2-RHS11 2-RHS11].
* La problématique principale rencontrée pour la reconstruction tomographique en cryo-ME est liée au fait que les angles de projections sont inconnus et que les images présentent un très faible rapport signal à bruit. Pour aborder ce problème, une méthode de reconstruction conjointe du volume et des angles de projections a été proposée [https://icube-publis.unistra.fr/4-FDNF13 4-FDNF13], [https://icube-publis.unistra.fr/4-BBF15 4-BBF15], [https://icube-publis.unistra.fr/4-PBMT15 4-PBMT15], et des méthodes d’estimation des paramètres de projection basées sur des techniques de réduction de dimension [https://icube-publis.unistra.fr/4-RBNM16 4-RBNM16] ou sur les moments [https://icube-publis.unistra.fr/2-PBMT16 2-PBMT16] ont été développées.
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* Dans le cadre de l’ [http://icube-vivabrain.unistra.fr/index.php/Main_Page ANR Vivabrain], une méthode basée sur l’utilisation d’arbres de composantes (component-trees) a été mise en œuvre pour la segmentation du réseau vasculaire cérébral [https://icube-publis.unistra.fr/2-DTNT13 2-DTNT13].
 
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* Des algorithmes spécifiques et originaux ont par ailleurs été développés dans le cadre du projet [http://icube-miv.unistra.fr/fr/index.php/ERC_FBrain ERC FBrain] pour la segmentation des tissus cérébraux en IRM fœtale [https://icube-publis.unistra.fr/2-RHS11 2-RHS11], [https://icube-publis.unistra.fr/2-CPHS11 2-CPHS11], [https://icube-publis.unistra.fr/2-PNRK11 2-PNRK11].  
* Concernant la reconstruction d’IRM fœtales, il s’agit, à partir d’un ensemble de coupes acquises avec des séquences 2D ultra-rapide, de reconstruire un volume IRM 3D haute résolution, tout en corrigeant les mouvements du fœtus ainsi que les artefacts en intensité, que ce soit en imagerie morphologique [https://icube-publis.unistra.fr/2-KHRS11 2-KHRS11] ou en IRM de diffusion [https://icube-publis.unistra.fr/2-OKSD12 2-OKSD12], [https://icube-publis.unistra.fr/2-FSKC14 2-FSKC14].  
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* Enfin, des approches markoviennes ont été mises en œuvre pour l’identification automatique de lésions de sclérose en plaques dans des séquences d’IRM multimodale [https://icube-publis.unistra.fr/2-BCA14 2-BCA14] et temporelle [https://icube-publis.unistra.fr/4-LCA14 4-LCA14].
 
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* Outre l’IRM cérébrale, d’autres contributions, basées sur une représentation en super-voxels de l’image, concernent la segmentation d’image scanner X, notamment afin de délimiter les vertèbres [https://icube-publis.unistra.fr/4-CRMC15 4-CRMC15] ou estimer le taux de nécrose de tumeurs hépatiques [https://icube-publis.unistra.fr/4-CNRH16 4-CNRH16], [https://icube-publis.unistra.fr/4-CRNH15 4-CRNH15].
* En imagerie polarimétrique, des méthodes originales d’inversion de données avec prise en compte de l’information spatiale ont été proposées [https://icube-publis.unistra.fr/2-SHZN11 2-SHZN11], [https://icube-publis.unistra.fr/2-FHRL12 2-FHRL12], [https://icube-publis.unistra.fr/2-FHSZ13 2-FHSZ13], [https://icube-publis.unistra.fr/1-FRHZ13 1-FRHZ13], [https://icube-publis.unistra.fr/1-FRHZ15 1-FRHZ15], [https://icube-publis.unistra.fr/2-KFHL15 2-KFHL15].
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* Une méthode de segmentation de données histopathologiques haute résolution reposant sur des descripteurs de texture et une classification supervisée a par ailleurs été proposée [https://icube-publis.unistra.fr/4-ANFF14 4-ANFF14].
 
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* Minh Son Phan : [[PHAN_Minh_Son|Reconstruction tomographique d’objets articulés à partir de projections non-orientées]]
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* T. Kensicher, [http://www.theses.fr/s145927 Protocole d'extraction de caractéristiques dans une base de données de scanners angiographiques pour la prédiction de complications post-opérative après des opérations de type EVAR], en cours
* Haida Rojbani : [[Hmida_Rojbani | Reconnaissance de forme dans des images volumiques en niveaux de gris: Application à l'imagerie biologique cell]]
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* A. Dufour, [https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01124175/ Segmentation et modélisation des structures vasculaires cérébrales en imagerie médicale 3D], octobre 2013
* Marc Karnoukian : [http://www.theses.fr/s95801 Reconstruction, fusion et analyse et d'images multi-modalités.Application au diagnostic et l'élevation des traitements du cancer]  
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* B. Caldairou, [https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00747860 Contribution à la segmentation des structures cérébrales en IRM foetale], juin 2012
 
+
* B. Bouraoui, [http://scd-theses.u-strasbg.fr/1736/ Segmentation automatique de l'arbre coronarien à partir d'images angiographiques 3D+t de scanner], octobre 2009
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* S. Bricq, [http://scd-theses.u-strasbg.fr/1651/ Segmentation d'images IRM anatomiques multimodales et détection de lésions de sclérose en plaques], novembre 2008
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* J. Lamy, [http://scd-theses.u-strasbg.fr/1017/ Calcul du chemin central du côlon pour une analyse locale des pathologies], novembre 2005
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* N. Passat, [http://scd-theses.u-strasbg.fr/1014/ Contribution à la segmentation des réseaux vasculaires cérébraux obtenus en IRM. Intégration de connaissance anatomique pour le guidage d'outils de morphologie mathématique], septembre 2005
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* B. Naegel, [http://scd-theses.u-strasbg.fr/855/ Segmentation des organes de l'abdomen par des critères topologiques et morphologiques], octobre 2004
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Version actuelle datée du 6 octobre 2016 à 17:32


Cet axe rassemble toutes les contributions qui ont pour objectifs l'extraction automatique de structures anatomiques ou fonctionnelles contenues dans des images biomédicales.

  • Une approche de segmentation multi-atlas basée sur de la fusion par patch a été proposée pour parcelliser le cortex ainsi que les structures profondes du cerveau 2-RHS11.
  • Dans le cadre de l’ ANR Vivabrain, une méthode basée sur l’utilisation d’arbres de composantes (component-trees) a été mise en œuvre pour la segmentation du réseau vasculaire cérébral 2-DTNT13.
  • Des algorithmes spécifiques et originaux ont par ailleurs été développés dans le cadre du projet ERC FBrain pour la segmentation des tissus cérébraux en IRM fœtale 2-RHS11, 2-CPHS11, 2-PNRK11.
  • Enfin, des approches markoviennes ont été mises en œuvre pour l’identification automatique de lésions de sclérose en plaques dans des séquences d’IRM multimodale 2-BCA14 et temporelle 4-LCA14.
  • Outre l’IRM cérébrale, d’autres contributions, basées sur une représentation en super-voxels de l’image, concernent la segmentation d’image scanner X, notamment afin de délimiter les vertèbres 4-CRMC15 ou estimer le taux de nécrose de tumeurs hépatiques 4-CNRH16, 4-CRNH15.
  • Une méthode de segmentation de données histopathologiques haute résolution reposant sur des descripteurs de texture et une classification supervisée a par ailleurs été proposée 4-ANFF14.
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