Séminaire du 30/05/2017, 11h00

mardi 30 mai 2017, 11h00

Reconstruction tomographique d'objets déformables pour la cryo-microscopie électronique à particules isolées

Conférencier : Yves Michels

La compréhension des mécanismes de certaines protéines requiert une modélisation dynamique en 3D des macromolécules avec une résolution de l'ordre de l’angström. Le développement de modalités d'imageries telles que la cryo-microscopie électronique à particule isolée et des algorithmes de reconstruction tomographique permettent de construire des modèles 3D déformables uniquement à partir de l'observation. La reconstruction d'objets 3D déformable à partir d'un ensemble d'images de projections 2D nécessite la connaissance des paramètres d'orientation et de déformation pour chaque projection. L'approche développée consiste à appliquer une réduction de dimension non-linéaire sur l'ensemble des projections afin d'estimer les paramètres dans un espace de dimension faible devant la dimension initiale des projections. Les méthodes de réduction de dimension utilisées reposent sur les graphes de voisinages, qui en présence de bruit, contiennent des arêtes courts-circuits biaisant la représentation en faible dimension. Deux méthodes de détections des courts-circuits seront présentées au cours de cette soutenance de mi-thèse. Une basée sur la construction d'un graphe parcimonieux approximant la variété, construit à l'aide de la densité estimée des données. La seconde basée sur la construction d'une variété paramétrique issue d'un modèle des projections.