PHAN Minh Son
Doctorant
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Activités de recherche
Sujet de Thèse : Reconstruction tomographique d’objets articulés à partir de projections non-orientées
Encadrement : Etienne Baudrier, Loïc Mazo, Mohamed Tajine
Cadre général :
ce sujet de thèse s’inscrit sur la tomographie appliquée à la microscopie électronique, avec comme objectif à long terme l’amélioration des méthodes de reconstruction spatiale de protéines en biologie (voir figure dessous). Cette modalité est utilisée à l’Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC) dans l’équipe de P. Schultz, avec laquelle une collaboration est en cours.
La tomographie permet de reconstituer un objet (2D ou 3D) à partir d’un ensemble de projections de cet objet selon différentes orientations. Dans certaines applications (dont la microscopie électronique), les projections sont perçues sans avoir d’information sur leurs orientations correspondantes. Ce cas de figure a été largement étudié sans pour autant aboutir à une solution universelle. Mais il y a une difficulté supplémentaire : en raison de la nature dynamique des polymères biologiques, toute macromolécule peut adopter plusieurs conformations. Cette hétérogénéité conformationnelle est actuellement la raison principale qui limite la résolution de la reconstruction.
Objectifs de la thèse :
étude des aspects théoriques liés à la reconstruction d’objets déformables.
Enseignements
Année 2013 - 2014 : UFR Math/Info
Semestre 1 :
- L3 mention Informatique : TP Bases de données et programmation web.
Semestre 2 :
- M1 mention Sciences du vivant : TP Bases de données.
Publications
Conférences internationales
[1] M. S. Phan, É. Baudrier, L. Mazo, and M. Tajine, “Angular difference measure between tomographic projections taken at unknown directions in 2D,” in IEEE International Conference on Image Processing 2014 (ICIP 2014), Paris, France, 2014.
[2] M. S. Phan, Y. Kenmochi, A. Sugimoto, H. Talbot, E. Andres, and R. Zrour, “Efficient Robust Digital Annulus Fitting with Bounded Error,” in Discrete Geometry for Computer Imagery, Proceedings of 17th IAPR International Conference, DGCI 2013, Seville, Espagne, 2013, vol. 7749, pp. 253–264.