Équipe IMAGeS : Images, Modélisation, Apprentissage, Géométrie et Statistique

Etienne Baudrier

De Équipe IMAGeS : Images, Modélisation, Apprentissage, Géométrie et Statistique
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Maître de conférences

ICube - IMAGeS
300 Bd Sébastien Brant
BP 10413
67412 Illkirch CEDEX - France

Tel : + 33 (0) 3 68 85 44 94
Fax : + 33 (0) 3 68 85 44 55
Bureau : C221

Courriel : baudrier(at)unistra(dot)fr
Page personnelle : http://icube-miv.unistra.fr/fr/index.php/Etienne_Baudrier


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Activité de recherche

L'équipe IMAGeS organise la conférence DGMM 22 (24-27/10) : dgmm2022.sciencesconf.org/

Thèmes de recherche actifs:

  • Géométrie discrète
    • Estimateurs discrets (longueur)
    • Discrétisations
  • Problèmes inverses
    • reconstruction de particules isolées
      • de macromolécules en microscopie électronique
      • en microscopie de fluorescence

Anciens thèmes de recherche

  • Morphologie mathématique
    • dans le cadre multidimensionnel
    • Analyse multirésolution non-linéaire basée sur des opérateurs provenant des mathématiques morphologiques
  • Algèbres géométriques pour l'image (wiki)
  • Comparaison d'images binaires
  • Mesure locale de dissimilarités
  • Qualité des images

Code

Rapporteur externe pour les journaux et conférences suivants

Computer Vision and Image Understanding (CVIU, Elsevier), J Mathematical Imaging and Vision (JMIV, Elsevier), Pattern Recognition Letters (PRL, Elsevier), Innovation and Research in BioMedical Engineering (IRBM, Elsevier), Discrete Geometry for Computer Imagery int conf (DGCI), IEEE Int Symp on Biomedical Imaging (ISBI), int conf on Computer Analysis of Images and Patterns (CAIP), Int Conf on Document Analysis and Recognition (ICDAR).

Projets de recherche

En cours

  • SP-Fluo (2021-24), Reconstruction de particule isolée en microscopie de fluorescence, projet ANR Jeunes chercheurs (porteur D. Fortun)

Anciens

  • TomoHauC, projet inter-équipes (IMAGeS) interne au laboratoire ICube 2020 (porteur)
  • RHODES (2015-2018) Reconstruction tomograpHique pour la cryo-micrOscopie électronique d'objets DéformablES, projet ANR Jeunes chercheurs (porteur)
  • OTOMAN, projet inter-équipes (ICPS,SDC,MIV) interne au laboratoire ICube 2016
  • KIDICO (2011-2014) Intégration des connaissances pour la convolution discrète, la segmentation et la reconstruction d'informations dans les images digitales, projet ANR blanc
  • DEFCON, projet inter-équipes interne au laboratoire ICube 2014 (porteur)
  • TomoMicro (2012-2013), Projet Exploratoire Pluridisciplinaire Biologie Mathématique Informatique (PEPS BMI) du CNRS sur la reconstruction tomographique pour la cryo-microscopie électronique (porteur)

Encadrement

Proposition de stage

Printemps 2023 : stage de M2 en géométrie discrète sujet

Thèses en cours

2022-2025 Alexandre STENGER co-encadrement avec Benoît NAEGEL (dir.), Patrick SCHULTZ (co-dir.) et Nicolas PASSAT Apprentissage Profond pour la segmentation de mitochondries en microscopie électronique FIB-SEM. Application à l’étude de la cascade métastatique
2021-2024 Thibaut ELOY direction, co-encadrement avec Denis FORTUN Reconstruction de particules isolées en microscopie à fluorescence
2019-2023 Cyril MEYER co-encadrement avec Benoît NAEGEL et Patrick SCHULTZ Analyse d’images de microscopie électronique par apprentissage profond pour le diagnostic de la leucémie lymphoïde chronique

Thèses soutenues

2018-2021 Etienne LE QUENTREC co-encadrement avec Pr. Mohamed TAJINE et Loïc MAZO Courbes à courbure totale localement bornée et leurs applications en géométrie discrète
2015-2018 Yves MICHELS co-encadrement avec Pr. Mohamed TAJINE et Loïc MAZO Reconstruction tomographique d'objets déformables pour la cryo microscopie électronique à particules isolées manuscrit
2012-2016 Minh Son PHAN co-encadrement avec Pr. Mohamed TAJINE et Loïc MAZO Reconstruction tomographique d’objets articulés à partir de projections non-orientées manuscrit
2013-2016 Hmida ROJBANI Directeurs : Pr. Christian RONSE, Pr. Khaled BSAIES ; encadrement avec Benoît NAEGEL et M. Atef HAMOUDA en co-tutelle avec l'université de Tunis El-Manar Reconnaissance de forme dans des images volumiques en niveaux de gris - Application à l'imagerie biologique cellulaire. manuscrit

Stages et projets de recherche

2022 Alexandre STENGER stage de recherche M2 Adaptation de Domaine non supervisée par Apprentissage Profond pour la segmentation de mitochondries en microscopie électronique FIB-SEM. Application à l’étude de la cascade métastatique.
2022 Jean PLUMAIL stage de recherche M2 Multiview reconstruction of particles with ninefold cylindrical symmetry in fluorescence imaging
2021 Thibaut ELOY stage de recherche M2 Multiview reconstruction of particles in fluorescence imaging
2021 Morgan SCHIEBER TER M1 Interface pour la segmentation manuelle en microscopie 3D
2021 Choaib ROSTAQI TER M1 Apprentissage profond et opérateurs morphologiques
2021 Mustapha SEMAL TER M1 Génération rapide de discrétisations
2021 Rémi LE TER M1 bibliographie sur l'estimation discrète de la courbure
2021 Luc VEDRENNE stage de recherche M2 Détection et segmentation d'assemblages macromoléculaires avec apprentissage profond en microscopie de fluorescence
2021 Bastien GROSSE stage de recherche M2 Estimation discrète de la courbure
2020 Youbo FAN stage de recherche M2 Registration of multiple point clouds in a deep learning framework. Application to single molecule localization microscopy
2020 Kebing XUE stage de recherche M2 Intégration de connaissances pour l'amélioration de la reconstruction 3D de protéines déformables
2019 Manh-Dung DO stage de recherche M1 Reconstruction tomographique par apprentissage profond pour la cryo EM
2019 Clément JACQUOT stage de recherche L3 Comparaison mu reach et theta turn
2019 François BOCK stage de recherche M1 Reconstruction cryo-tomographique par apprentissage profond
2019 Ambre SAINT-ANDRÉ stage de recherche M1 Implémentation de la mesure de θ-virage
2019 Emilien BAUER stage de recherche L3 Comptage asymptotique du nombre de discrétisations par deux méthodes
2019 Emilie KEMPF stage de recherche M2 Single particle reconstruction in single molecule localization microscopy
2019 Guillaume LETTY stage de recherche M2 intégration des translation dans la reconstruction tomographique conjointe
2019 Maxime SEYER stage de recherche M2 Cas déformable dans la reconstruction tomographique conjointe
2018 Romain PERRIN stage 150h M2 Utilisation de DGtal pour l’évaluation des estimateurs avec le dual suite
2018 Cyrille MULLER stage de recherche M1 Parallélisation GPU du code de reconstruction tomographique conjointe
2018 Chouaib FELLAH stage de recherche M1 Utilisation de DGtal pour l’évaluation des estimateurs avec le dual
2018 Etienne LE QUENTREC stage de recherche M2 Comportement multirésolution des estimateurs de longueurs dans l’espace discret 2D
2017 Elyes ATEB stage 150h M2 Utilisation de DGtal pour l’évaluation des estimateurs avec le dual
2017 Lucas LAZARE stage de recherche M1 Reconstruction conjointe fréquentielle
2017 Léo BOUAILLON stage de recherche M1 Dual de l’ensemble des discrétisations à une transformation rigide près
2017 Guillaume DECOR TER M1 Polygone et discrétisation
2017 Tarek AOULAD-MANSOUR TER M1 Génération de toutes les discrétisations d'une courbe plane
2016 Cyrille MULLER stage de recherche L3 optimisation et amélioration du code de reconstruction tomographique conjointe
2016 Jean-Romain LUTTRINGER stage de recherche L3 parallélisation et portage sur grille HP du code de reconstruction tomographique conjointe
2015 Renan LAURETI stage de recherche Magistère de math, 1A variabilité par translation des discrétisations d’une courbe plane
2015 Léo BOUAILLON stage de recherche L3 interface pour la pré-image d'un segment discret
2015 Caroline RUDOLF stage de recherche L3 Estimation de la longueur de toutes les discrétisations d'une courbe
2015 Sahar HAOUAS stage de recherche (PFE) M2 Reconstruction tomographique par Quadtree à partir de projections non-orientées
2015 Zied ZOUCH stage de recherche (PFE) M2 Estimation des orientations et des déformations à partir de projections tomographiques non-orientées
2014 Jérémy BERNARD stage 150 h M1 Interface et génération de toutes les discrétisations d’une courbe
2014 Maxime ABOVILLIER stage de recherche M1 Reconstruction tomographique à partir de projections non-orientées : accélération par multirésolution
2014 Bacem BEN CHEIKH stage de recherche M2 Reconstruction tomographique à partir de projections non-orientées : cas continu 3D
2013 Bacem BEN CHEIKH stage de recherche M2 Reconstruction tomographique à partir de projections non-orientées : cas continu 2D
2012 Nicolas AUBRY stage de recherche M2 Modélisation discrète de la transformée de Radon en 2D et 3D, implémentation
2012 Shan WU stage de laboratoire ENSIEE, 2A Optimisation pour la reconstruction tomographique
2012 Grégory APOU stage de recherche M1 suivi de cellules
2012 Meryem FATICH TER M1 Reconstruction tomographique à partir de projections non-orientées : cas déformable
2011 Célia FILLION stage de recherche M2 Reconstruction tomographique d'une macromolécule à l'aide de ses projections par cryo-microscopie électronique
2011 Malo DOUONDA TER M1 Arbres de formes pour la détection de changements : implémentation et expérimentations
2010 Diane HOEHLINGER TER M1 Transformée en distance en niveaux de gris et mesure de qualité des images
2010 Jérôme VON BUHREN stage de recherche Magistère de math, 1A Propriété de cohérence en tomographie
2007 Nathalie GIRARD stage de recherche M2 Evaluation perceptuelle de la qualité de l'image basée sur l'information spatiale locale

Enseignement

  • L1
    • Algorithmique et programmation 1
  • L2
    • Structures de Données et Algorithmique
    • Programmation fonctionnelle
  • L3
    • Transformation de Fourier
    • Base de données
    • Traitement du signal
  • M1
    • Apprentissage pour l'image
    • Traitement de l'image dans le Master I3D
  • M2
    • Topologie discrète
    • Tomographie
    • Morphologie mathématique Page moodle

Responsabilités collectives

  • 2023- ** membre du steering committee de la conférence GDMM
  • 2021- ** Correspondant aux relations internationales Hors ERASMUS et EUCOR
  • 2020- ** co-responsable du thème GDMM
  • 2015-16, 2019- ** Membre du comité d'experts de la 27ème section de l'UdS
  • 2015-19 Responsable de la première année du Master ISI, renommé parcours I3D depuis 2018
  • 2018-19 Co-responsable de la première année du Master informatique

Publications

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