Etienne Baudrier
Maître de conférences
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Activité de recherche
L'équipe IMAGeS organise la conférence DGMM 22 (24-27/10) : dgmm2022.sciencesconf.org/
Thèmes de recherche actifs:
- Géométrie discrète
- Estimateurs discrets (longueur)
- Discrétisations
- Problèmes inverses
- reconstruction de particules isolées
- de macromolécules en microscopie électronique
- en microscopie de fluorescence
- reconstruction de particules isolées
Anciens thèmes de recherche
- Morphologie mathématique
- dans le cadre multidimensionnel
- Analyse multirésolution non-linéaire basée sur des opérateurs provenant des mathématiques morphologiques
- Algèbres géométriques pour l'image (wiki)
- Comparaison d'images binaires
- Mesure locale de dissimilarités
- Qualité des images
Code
- Tomographie : mesure de distance inter projection (developpée par MS Phan et décrite ici) disponible sur le git unistra : https://git.unistra.fr/msphan/MADE
- débruitage de graphe : méthode développée par Y Michels, disponible sur le git unistra : https://git.unistra.fr/y.michels/DensityBasedGraphDenoising
Rapporteur externe pour les journaux et conférences suivants
Computer Vision and Image Understanding (CVIU, Elsevier), J Mathematical Imaging and Vision (JMIV, Elsevier), Pattern Recognition Letters (PRL, Elsevier), Innovation and Research in BioMedical Engineering (IRBM, Elsevier), Discrete Geometry for Computer Imagery int conf (DGCI), IEEE Int Symp on Biomedical Imaging (ISBI), int conf on Computer Analysis of Images and Patterns (CAIP), Int Conf on Document Analysis and Recognition (ICDAR).
Projets de recherche
En cours
- SP-Fluo (2021-24), Reconstruction de particule isolée en microscopie de fluorescence, projet ANR Jeunes chercheurs (porteur D. Fortun)
Anciens
- TomoHauC, projet inter-équipes (IMAGeS) interne au laboratoire ICube 2020 (porteur)
- RHODES (2015-2018) Reconstruction tomograpHique pour la cryo-micrOscopie électronique d'objets DéformablES, projet ANR Jeunes chercheurs (porteur)
- OTOMAN, projet inter-équipes (ICPS,SDC,MIV) interne au laboratoire ICube 2016
- KIDICO (2011-2014) Intégration des connaissances pour la convolution discrète, la segmentation et la reconstruction d'informations dans les images digitales, projet ANR blanc
- DEFCON, projet inter-équipes interne au laboratoire ICube 2014 (porteur)
- TomoMicro (2012-2013), Projet Exploratoire Pluridisciplinaire Biologie Mathématique Informatique (PEPS BMI) du CNRS sur la reconstruction tomographique pour la cryo-microscopie électronique (porteur)
Encadrement
Proposition de stage
Printemps 2023 : stage de M2 en géométrie discrète sujet
Thèses en cours
2022-2025 | Alexandre STENGER | co-encadrement avec Benoît NAEGEL (dir.), Patrick SCHULTZ (co-dir.) et Nicolas PASSAT | Apprentissage Profond pour la segmentation de mitochondries en microscopie électronique FIB-SEM. Application à l’étude de la cascade métastatique |
2021-2024 | Thibaut ELOY | direction, co-encadrement avec Denis FORTUN | Reconstruction de particules isolées en microscopie à fluorescence |
2019-2023 | Cyril MEYER | co-encadrement avec Benoît NAEGEL et Patrick SCHULTZ | Analyse d’images de microscopie électronique par apprentissage profond pour le diagnostic de la leucémie lymphoïde chronique |
Thèses soutenues
2018-2021 | Etienne LE QUENTREC | co-encadrement avec Pr. Mohamed TAJINE et Loïc MAZO | Courbes à courbure totale localement bornée et leurs applications en géométrie discrète |
2015-2018 | Yves MICHELS | co-encadrement avec Pr. Mohamed TAJINE et Loïc MAZO | Reconstruction tomographique d'objets déformables pour la cryo microscopie électronique à particules isolées manuscrit |
2012-2016 | Minh Son PHAN | co-encadrement avec Pr. Mohamed TAJINE et Loïc MAZO | Reconstruction tomographique d’objets articulés à partir de projections non-orientées manuscrit |
2013-2016 | Hmida ROJBANI | Directeurs : Pr. Christian RONSE, Pr. Khaled BSAIES ; encadrement avec Benoît NAEGEL et M. Atef HAMOUDA en co-tutelle avec l'université de Tunis El-Manar | Reconnaissance de forme dans des images volumiques en niveaux de gris - Application à l'imagerie biologique cellulaire. manuscrit |
Stages et projets de recherche
2022 | Alexandre STENGER | stage de recherche | M2 | Adaptation de Domaine non supervisée par Apprentissage Profond pour la segmentation de mitochondries en microscopie électronique FIB-SEM. Application à l’étude de la cascade métastatique. |
2022 | Jean PLUMAIL | stage de recherche | M2 | Multiview reconstruction of particles with ninefold cylindrical symmetry in fluorescence imaging |
2021 | Thibaut ELOY | stage de recherche | M2 | Multiview reconstruction of particles in fluorescence imaging |
2021 | Morgan SCHIEBER | TER | M1 | Interface pour la segmentation manuelle en microscopie 3D |
2021 | Choaib ROSTAQI | TER | M1 | Apprentissage profond et opérateurs morphologiques |
2021 | Mustapha SEMAL | TER | M1 | Génération rapide de discrétisations |
2021 | Rémi LE | TER | M1 | bibliographie sur l'estimation discrète de la courbure |
2021 | Luc VEDRENNE | stage de recherche | M2 | Détection et segmentation d'assemblages macromoléculaires avec apprentissage profond en microscopie de fluorescence |
2021 | Bastien GROSSE | stage de recherche | M2 | Estimation discrète de la courbure |
2020 | Youbo FAN | stage de recherche | M2 | Registration of multiple point clouds in a deep learning framework. Application to single molecule localization microscopy |
2020 | Kebing XUE | stage de recherche | M2 | Intégration de connaissances pour l'amélioration de la reconstruction 3D de protéines déformables |
2019 | Manh-Dung DO | stage de recherche | M1 | Reconstruction tomographique par apprentissage profond pour la cryo EM |
2019 | Clément JACQUOT | stage de recherche | L3 | Comparaison mu reach et theta turn |
2019 | François BOCK | stage de recherche | M1 | Reconstruction cryo-tomographique par apprentissage profond |
2019 | Ambre SAINT-ANDRÉ | stage de recherche | M1 | Implémentation de la mesure de θ-virage |
2019 | Emilien BAUER | stage de recherche | L3 | Comptage asymptotique du nombre de discrétisations par deux méthodes |
2019 | Emilie KEMPF | stage de recherche | M2 | Single particle reconstruction in single molecule localization microscopy |
2019 | Guillaume LETTY | stage de recherche | M2 | intégration des translation dans la reconstruction tomographique conjointe |
2019 | Maxime SEYER | stage de recherche | M2 | Cas déformable dans la reconstruction tomographique conjointe |
2018 | Romain PERRIN | stage 150h | M2 | Utilisation de DGtal pour l’évaluation des estimateurs avec le dual suite |
2018 | Cyrille MULLER | stage de recherche | M1 | Parallélisation GPU du code de reconstruction tomographique conjointe |
2018 | Chouaib FELLAH | stage de recherche | M1 | Utilisation de DGtal pour l’évaluation des estimateurs avec le dual |
2018 | Etienne LE QUENTREC | stage de recherche | M2 | Comportement multirésolution des estimateurs de longueurs dans l’espace discret 2D |
2017 | Elyes ATEB | stage 150h | M2 | Utilisation de DGtal pour l’évaluation des estimateurs avec le dual |
2017 | Lucas LAZARE | stage de recherche | M1 | Reconstruction conjointe fréquentielle |
2017 | Léo BOUAILLON | stage de recherche | M1 | Dual de l’ensemble des discrétisations à une transformation rigide près |
2017 | Guillaume DECOR | TER | M1 | Polygone et discrétisation |
2017 | Tarek AOULAD-MANSOUR | TER | M1 | Génération de toutes les discrétisations d'une courbe plane |
2016 | Cyrille MULLER | stage de recherche | L3 | optimisation et amélioration du code de reconstruction tomographique conjointe |
2016 | Jean-Romain LUTTRINGER | stage de recherche | L3 | parallélisation et portage sur grille HP du code de reconstruction tomographique conjointe |
2015 | Renan LAURETI | stage de recherche | Magistère de math, 1A | variabilité par translation des discrétisations d’une courbe plane |
2015 | Léo BOUAILLON | stage de recherche | L3 | interface pour la pré-image d'un segment discret |
2015 | Caroline RUDOLF | stage de recherche | L3 | Estimation de la longueur de toutes les discrétisations d'une courbe |
2015 | Sahar HAOUAS | stage de recherche (PFE) | M2 | Reconstruction tomographique par Quadtree à partir de projections non-orientées |
2015 | Zied ZOUCH | stage de recherche (PFE) | M2 | Estimation des orientations et des déformations à partir de projections tomographiques non-orientées |
2014 | Jérémy BERNARD | stage 150 h | M1 | Interface et génération de toutes les discrétisations d’une courbe |
2014 | Maxime ABOVILLIER | stage de recherche | M1 | Reconstruction tomographique à partir de projections non-orientées : accélération par multirésolution |
2014 | Bacem BEN CHEIKH | stage de recherche | M2 | Reconstruction tomographique à partir de projections non-orientées : cas continu 3D |
2013 | Bacem BEN CHEIKH | stage de recherche | M2 | Reconstruction tomographique à partir de projections non-orientées : cas continu 2D |
2012 | Nicolas AUBRY | stage de recherche | M2 | Modélisation discrète de la transformée de Radon en 2D et 3D, implémentation |
2012 | Shan WU | stage de laboratoire | ENSIEE, 2A | Optimisation pour la reconstruction tomographique |
2012 | Grégory APOU | stage de recherche | M1 | suivi de cellules |
2012 | Meryem FATICH | TER | M1 | Reconstruction tomographique à partir de projections non-orientées : cas déformable |
2011 | Célia FILLION | stage de recherche | M2 | Reconstruction tomographique d'une macromolécule à l'aide de ses projections par cryo-microscopie électronique |
2011 | Malo DOUONDA | TER | M1 | Arbres de formes pour la détection de changements : implémentation et expérimentations |
2010 | Diane HOEHLINGER | TER | M1 | Transformée en distance en niveaux de gris et mesure de qualité des images |
2010 | Jérôme VON BUHREN | stage de recherche | Magistère de math, 1A | Propriété de cohérence en tomographie |
2007 | Nathalie GIRARD | stage de recherche | M2 | Evaluation perceptuelle de la qualité de l'image basée sur l'information spatiale locale |
Enseignement
- L1
- Algorithmique et programmation 1
- L2
- Structures de Données et Algorithmique
- Programmation fonctionnelle
- L3
- Transformation de Fourier
- Base de données
- Traitement du signal
- M1
- Apprentissage pour l'image
- Traitement de l'image dans le Master I3D
- M2
- Topologie discrète
- Tomographie
- Morphologie mathématique Page moodle
Responsabilités collectives
- 2023- ** membre du steering committee de la conférence GDMM
- 2021- ** Correspondant aux relations internationales Hors ERASMUS et EUCOR
- 2020- ** co-responsable du thème GDMM
- 2015-16, 2019- ** Membre du comité d'experts de la 27ème section de l'UdS
- 2015-19 Responsable de la première année du Master ISI, renommé parcours I3D depuis 2018
- 2018-19 Co-responsable de la première année du Master informatique
Publications