PEPS Tomomicro

Résumé du projet

En cryo-microscopie électronique, des images 2D de macromolécules sous différentes orientations et sous différentes conformations sont acquises (et désignées par le terme de projection). Ce projet s'intéresse au cas où l’ensemble des conformations forment une déformation continue. Une première partie étudie le moyen d'estimer les paramètres d'orientation et de déformation à partir de l'ensemble des projections acquises. La macromolécule dans ces différentes conformations est modélisée comme une variété et la méthode pour estimer les paramètres de cette variété est la réduction de dimension à partir de la matrice de distance entre les projections. Une deuxième partie s'intéresse à la reconstruction de la variété à partir des paramètres de cette dernière estimés dans la première partie. Le cœur de cette partie est l'étude de l'interpolation dans l'espace de Radon (qui est celui des projections).En effet, du fait de la continuité du paramètre de déformation, il se peut qu'il n'existe que quelques projections pour chaque valeur de ce paramètre, voire aucune. L'interpolation est alors nécessaire à la reconstruction et nécessite d’être étudiée.

Membres du projet

• Etienne Baudrier, porteur du projet (LSIIT, équipe MIV)
• Gabriel Frey (LSIIT, équipe BFO)
• Benoît Naegel (LSIIT, équipe MIV)
• Patrick Schultz (IGBMC, équipe Biologie Structurale intégrative)
• Tajine (LSIIT, équipe MIV)

Bibliographie

C. Fillion , A. Daurat , B. Naegel, G. Frey, E. Baudrier A new ab initio reconstruction method from unknown-direction projections of 2D binary set, Int Conf on Image process, Melbourne, Australia, pages 1031--1035, septembre 2013