Hmida Rojbani

Doctorant

ICube - MIV 300 Bd Sébastien Brant BP 10413 67412 Illkirch CEDEX - France Courriel : hmida.rojbani@etu.unistra.fr Url : https://www.researchgate.net/profile/Hmida_Rojbani/

Activités de recherche

Sujet de Thèse : Reconnaissance de forme dans des images volumiques en niveaux de gris: Application à l'imagerie biologique cellulaire

Directeurs : Pr. Christian RONSE et Pr. Khaled BSAÏES
Encadrants : Etienne BAUDRIER, Benoît NAEGEL et Atef Hamouda

Résumé

Ce sujet de thèse s'inscrit dans un axe récent de l’équipe MIV du laboratoire ICube sur l'imagerie biologique. Il porte sur des modalités de microscopie récentes utilisées par les biologistes de l'Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC) avec lesquels nous collaborons. Les images obtenues ne permettent pas aux biologistes de voir directement les structures intéressantes, qui doivent être extraites lors d'une étape de traitement. Actuellement, le traitement n'est pas entièrement automatisé et ne permet pas de reconnaître ni de quantifier les structures présentes dans les images.

Le sujet de cette thèse est de proposer et de développer une méthode permettant de reconnaître les structures élémentaire d'intérêt (essentiellement des nucléosomes) présentes dans des images 3D provenant de cryo tomographie électronique – CTE. On s'intéressera dans un premier temps au processus d'acquisition et de reconstruction afin d'en corriger les défauts. Dans un deuxième temps, une étape de reconnaissance des structures élémentaires sera mise en œuvre et validée. Dans un troisième temps, des informations spatiales seront exploitées afin de reconnaître des macrostructures formées par des ensembles de telles entités élémentaires.